Програми наукових досліджень на 2016-2020 роки, виконавцем яких є Інститут біоенергетичних культур і цукрових буряків:

• ПНД НААН 16 «Селекція, насінництво і розсадництво та технологія вирощування біоенергетичних культур як сировини для виробництва рідких, твердих і газоподібних видів палива» («Біоенергетичні ресурси»)
• ПНД НААН 27 «Створення конкурентоспроможних гібридів цукрових буряків і розробляння технологічних заходів з реалізації їх біологічного потенціалу» («Цукрові буряки»)

Програми наукових досліджень на 2016-2020 роки, в яких Інститут біоенергетичних культур і цукрових буряків є установа-співвиконавець:

• ПНД НААН 13  «Селекція зернових і зернобобових культур»
• ПНД НААН 22 «Корми і кормовий білок» 
• ПНД НААН 23 «Біотехнологія і генетика в рослинництві»
• ПНД НААН 24 «Генофонд рослин»
• ПНД НААН 25 «Круп"яні культури»